Organisasi Siswa Intra Madrasah (OSIM) YPI Sunan Kalijogo Ngadri merupakan wadah resmi bagi para peserta didik untuk mengembangkan bakat kepemimpinan, keterampilan sosial, serta jiwa organisatoris. OSIM berperan sebagai mitra madrasah dalam menyelenggarakan berbagai program yang bersifat edukatif, kreatif, dan konstruktif demi meningkatkan kualitas lingkungan belajar. Keberadaan OSIM menjadi bagian penting dalam pembentukan karakter siswa, karena setiap kegiatan yang dijalankan tidak hanya berorientasi pada pencapaian prestasi, tetapi juga penanaman nilai-nilai kedisiplinan, tanggung jawab, dan kebersamaan. Melalui program-program kerja seperti upacara rutin, peringatan hari besar Islam, kegiatan sosial, lomba-lomba, hingga pengembangan minat dan bakat, OSIM memberikan ruang seluas-luasnya bagi siswa untuk berkreasi secara positif. OSIM YPI Sunan Kalijogo Ngadri juga menjadi sarana pembelajaran demokrasi di lingkungan madrasah. Proses pemilihan pengurus dilakukan secara terbuka melalui mekanisme pemilihan ketua dan wakil ketua oleh seluruh siswa, vooting menggunakan system digital sehingga akurasinya 100% dan akhirnya mampu menanamkan nilai musyawarah, kejujuran, dan sportivitas sejak dini. Dengan semangat kebersamaan serta dukungan penuh dari pihak madrasah, OSIM terus berupaya menjadi organisasi yang aktif, inovatif, dan berdaya guna, serta menjadi teladan bagi seluruh siswa dalam membangun madrasah yang religius, berprestasi, dan berakhlak mulia.